COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.177539 2.465217 2.566825
2020-09-17 17:00:00 2.537990 2.537990 2.585872
2020-09-16 17:00:00 2.498408 2.498408 2.578418
2020-09-15 17:00:00 2.433471 2.433471 2.573195
2020-09-14 17:00:00 3.164935 2.514886 2.545403
2020-09-13 17:00:00 2.984036 2.984036 2.533024
2020-09-12 17:00:00 2.654194 2.654194 2.518700

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 5.515832 5.515832 2.786483
2020-09-17 17:00:00 3.173077 3.173077 2.639604
2020-09-16 17:00:00 1.776900 1.776900 2.450239
2020-09-15 17:00:00 2.743902 2.743902 2.317973
2020-09-14 17:00:00 1.333333 0.103252 2.198085
2020-09-13 17:00:00 2.850539 3.862213 2.135721
2020-09-12 17:00:00 1.148225 1.148225 2.032152

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 0.000000 1.141553 0.810911
2020-09-17 17:00:00 0.857633 0.857633 0.808903
2020-09-16 17:00:00 0.938086 0.938086 0.887113
2020-09-15 17:00:00 1.006036 1.006036 0.910144
2020-09-14 17:00:00 0.000000 0.000000 0.889667
2020-09-13 17:00:00 0.833333 0.833333 0.937503
2020-09-12 17:00:00 0.606796 0.896057 0.961696

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 1.575689 1.575689 0.966488
2020-09-17 17:00:00 0.867209 0.867209 0.934532
2020-09-16 17:00:00 1.138406 1.138406 0.940137
2020-09-15 17:00:00 0.337553 0.337553 0.924122
2020-09-14 17:00:00 0.445104 0.208841 0.927935
2020-09-13 17:00:00 1.064639 1.064639 0.964015
2020-09-12 17:00:00 1.176471 1.176471 0.987098

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.086969 3.086969 3.129874
2020-09-17 17:00:00 2.821181 2.821181 3.098223
2020-09-16 17:00:00 3.846154 3.846154 3.093300
2020-09-15 17:00:00 4.046415 4.046415 3.032408
2020-09-14 17:00:00 4.164739 4.164739 3.099693
2020-09-13 17:00:00 3.276047 3.276047 3.050606
2020-09-12 17:00:00 2.118906 2.118906 2.990182

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.011448 3.011448 2.873542
2020-09-17 17:00:00 2.482510 2.482510 2.845562
2020-09-16 17:00:00 2.349291 2.349291 2.803751
2020-09-15 17:00:00 3.639010 3.639010 2.772634
2020-09-14 17:00:00 4.608128 2.820342 2.754340
2020-09-13 17:00:00 3.182020 3.182020 2.726891
2020-09-12 17:00:00 2.806589 2.806589 2.700232

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.979592 3.979592 3.245598
2020-09-17 17:00:00 4.659763 3.979592 3.316701
2020-09-16 17:00:00 2.061123 2.061123 3.381509
2020-09-15 17:00:00 2.587322 2.587322 3.377064
2020-09-14 17:00:00 0.886918 0.886918 3.347564
2020-09-13 17:00:00 4.554656 4.554656 3.383257
2020-09-12 17:00:00 4.529617 4.529617 3.314498

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 2.194928 2.194928 1.987913
2020-09-17 17:00:00 2.261935 2.261935 1.964193
2020-09-16 17:00:00 2.479339 1.971915 1.952474
2020-09-15 17:00:00 1.815095 1.815095 1.911262
2020-09-14 17:00:00 2.328573 2.328573 1.884524
2020-09-13 17:00:00 1.728932 1.728932 1.850694
2020-09-12 17:00:00 1.755777 1.755777 1.819572

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 8.263598 4.184100 5.554435
2020-09-17 17:00:00 3.490401 3.490401 5.770694
2020-09-16 17:00:00 4.649682 4.649682 5.774700
2020-09-15 17:00:00 10.078628 10.078628 5.766149
2020-09-14 17:00:00 12.172285 4.619758 5.759207
2020-09-13 17:00:00 10.143043 5.575411 5.962810
2020-09-12 17:00:00 7.865169 7.865169 5.877712

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 2.186219 2.186219 1.967528
2020-09-17 17:00:00 2.092642 2.092642 1.994659
2020-09-16 17:00:00 1.332998 1.332998 1.983339
2020-09-15 17:00:00 1.229394 1.229394 1.997135
2020-09-14 17:00:00 2.416860 2.058643 2.050549
2020-09-13 17:00:00 3.152510 3.152510 2.081540
2020-09-12 17:00:00 2.662575 2.662575 2.066297

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.329506 3.329506 3.481257
2020-09-17 17:00:00 3.767821 3.767821 3.568739
2020-09-16 17:00:00 5.033113 5.033113 3.525473
2020-09-15 17:00:00 1.902174 1.902174 3.472062
2020-09-14 17:00:00 5.000000 1.400382 3.349810
2020-09-13 17:00:00 4.229935 4.229935 3.280371
2020-09-12 17:00:00 3.529412 3.529412 3.176512

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 0.601202 1.200000 1.260722
2020-09-17 17:00:00 0.751880 0.751880 1.248351
2020-09-16 17:00:00 3.125000 3.125000 1.256347
2020-09-15 17:00:00 0.429185 0.429185 1.271895
2020-09-14 17:00:00 1.777778 1.777778 1.392520
2020-09-13 17:00:00 0.903614 0.903614 1.396410
2020-09-12 17:00:00 1.282051 1.282051 1.349686

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 7.171315 2.290837 2.428619
2020-09-17 17:00:00 1.607717 1.607717 2.519732
2020-09-16 17:00:00 1.840491 1.840491 2.555752
2020-09-15 17:00:00 4.740406 4.740406 2.551906
2020-09-14 17:00:00 1.666667 1.666667 2.518371
2020-09-13 17:00:00 5.141388 1.928021 2.539046
2020-09-12 17:00:00 3.205128 3.205128 2.573285

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 3.862661 3.862661 3.962126
2020-09-17 17:00:00 10.497238 3.038674 3.936405
2020-09-16 17:00:00 3.945746 3.945746 3.862767
2020-09-15 17:00:00 5.899705 5.899705 3.789420
2020-09-14 17:00:00 8.888889 8.888889 3.839911
2020-09-13 17:00:00 1.855670 1.855670 3.928991
2020-09-12 17:00:00 3.308271 3.308271 4.193288

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 6.293360 6.293360 4.010817
2020-09-17 17:00:00 2.937474 2.937474 3.958534
2020-09-16 17:00:00 4.804928 4.804928 3.926359
2020-09-15 17:00:00 2.846715 2.846715 3.786178
2020-09-14 17:00:00 3.434685 3.434685 3.696745
2020-09-13 17:00:00 2.871148 2.871148 3.571904
2020-09-12 17:00:00 5.201342 5.201342 3.466561

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 2.990388 2.990388 3.027327
2020-09-17 17:00:00 2.221439 2.221439 3.040045
2020-09-16 17:00:00 4.529464 3.474055 3.028868
2020-09-15 17:00:00 3.095723 3.095723 3.005457
2020-09-14 17:00:00 2.732975 2.732975 2.993930
2020-09-13 17:00:00 4.852071 4.852071 3.009849
2020-09-12 17:00:00 1.952724 2.899657 2.941219

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 4.417671 4.417671 3.294249
2020-09-17 17:00:00 3.089037 3.089037 3.333247
2020-09-16 17:00:00 1.764706 1.764706 3.378713
2020-09-15 17:00:00 2.599278 2.599278 3.426569
2020-09-14 17:00:00 5.056180 5.056180 3.529389
2020-09-13 17:00:00 3.510638 3.510638 3.516508
2020-09-12 17:00:00 3.377483 3.377483 3.527696

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 4.349939 2.029162 2.646081
2020-09-17 17:00:00 2.749141 2.749141 2.743386
2020-09-16 17:00:00 2.419355 2.419355 2.770105
2020-09-15 17:00:00 2.637890 2.637890 2.795646
2020-09-14 17:00:00 4.689755 4.689755 2.845181
2020-09-13 17:00:00 2.862506 2.862506 2.848489
2020-09-12 17:00:00 1.775626 1.775626 2.888408

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 1.793153 1.793153 1.905096
2020-09-17 17:00:00 2.306202 2.306202 1.918406
2020-09-16 17:00:00 1.933820 1.933820 1.919518
2020-09-15 17:00:00 1.416235 0.876256 1.913368
2020-09-14 17:00:00 2.549697 1.235214 1.915917
2020-09-13 17:00:00 1.944860 1.944860 1.945536
2020-09-12 17:00:00 3.055802 3.055802 1.946146

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 2.156057 2.156057 2.146773
2020-09-17 17:00:00 2.291667 2.291667 2.163842
2020-09-16 17:00:00 1.806589 1.806589 2.243557
2020-09-15 17:00:00 2.226721 2.226721 2.190632
2020-09-14 17:00:00 3.821656 1.262493 2.168097
2020-09-13 17:00:00 3.256445 2.550478 2.198597
2020-09-12 17:00:00 3.303303 3.303303 2.187136

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 16.326531 16.326531 4.325132
2020-09-17 17:00:00 0.578035 1.351351 3.915263
2020-09-16 17:00:00 1.351351 1.351351 3.565331
2020-09-15 17:00:00 3.092784 3.092784 3.557192
2020-09-14 17:00:00 14.285714 14.285714 3.211985
2020-09-13 17:00:00 1.739130 1.739130 2.951833
2020-09-12 17:00:00 1.785714 1.785714 2.704743

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-09-18 17:00:00 4.079740 4.079740 3.061389
2020-09-17 17:00:00 2.625241 2.625241 3.063074
2020-09-16 17:00:00 2.669577 3.686102 3.002971
2020-09-15 17:00:00 3.418549 2.665739 2.956091
2020-09-14 17:00:00 2.763819 1.275067 2.945594
2020-09-13 17:00:00 3.977591 3.977591 3.011792
2020-09-12 17:00:00 3.024326 3.024326 3.046508

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.515832 5.515832 2.786483
Basilicata 0.000000 1.141553 0.810911
Calabria 1.575689 1.575689 0.966488
Campania 3.086969 3.086969 3.129874
Emilia-Romagna 3.011448 3.011448 2.873542
Friuli Venezia Giulia 3.979592 3.979592 3.245598
Lazio 2.194928 2.194928 1.987913
Liguria 8.263598 4.184100 5.554435
Lombardia 2.186219 2.186219 1.967528
Marche 3.329506 3.329506 3.481257
Molise 0.601202 1.200000 1.260722
P.A. Bolzano 7.171315 2.290837 2.428619
P.A. Trento 3.862661 3.862661 3.962126
Piemonte 6.293360 6.293360 4.010817
Puglia 2.990388 2.990388 3.027327
Sardegna 4.417671 4.417671 3.294249
Sicilia 4.349939 2.029162 2.646081
Toscana 1.793153 1.793153 1.905096
Umbria 2.156057 2.156057 2.146773
Valle d'Aosta 16.326531 16.326531 4.325132
Veneto 4.079740 4.079740 3.061389
© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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